El departamento presenta un clima variado, frío en las alturas andinas, templado en los valles y cálido en las quebradas y las márgenes del Marañón. La característica general de los climas templado y frío, es presentar temperaturas diurnas elevadas (más de 20°C) y bajas temperaturas nocturnas que suelen descender a 0°C sobre los 3000 m. de altitud, durante los meses de invierno. Asimismo las precipitaciones son abundantes en la estación de verano.

En las provincias de Jaén y San Ignacio, el clima es tropical y húmedo, con temperatura promedio anual de 25 a 26ºC y precipitaciones durante el período de octubre a abril, que no llegan a los 1200 mm. anuales. En valles interandinos, el clima es templado y presenta temperaturas agradables pero se torna ligeramente  frío en la noche, variando entre 13 a 15ºC . Las precipitaciones anuales varían entre  700 -1,000 mm.

En la zona alta hay una formación ecológica especial con climas fríos y ventosos; temperaturas nocturnas inferiores a 12ºC y precipitaciones de 900 - 1,300 mm. Asimismo en zonas medias y altas existen temperaturas nocturnas diurnas elevadas que pueden llegar a los  20ºC y bajar bruscamente en las noches y madrugadas a 0ºC, sobre todo durante el invierno.

Durante el período 1958-1991 se registró una media anual de temperatura máxima de 21.6 °C y una mínima de 5.6 °C respectivamente. Así como una precipitación media acumulada anual para el período 1959-1991 de 729.6 mm. (http://www.minag.gob.pe/hidro_clima_peru.shtml#9).