En el distrito de San Juan existe una escasa cobertura de la infraestructura de salud ya que sólo el 57.6 % de los caseríos dispone de ello.

San Juan, capital de distrito, es el único que cuenta con un puesto de salud, mientras que   Yumagual Alto, Chusca, Chigden, Choten, La Laguna, Las Quinuas Cachilgon, Pueblo Libre, Quivinchan, Ogoriz, Aranmarca, Número 8 y Huacraruco  disponen de un botiquín comunal. La mayoría de estos caseríos  están ubicados al oeste del distrito.