Este subsistema abarca la información biológica y física del espacio estudiado. Así tenemos información acerca de la flora (especies forestales, pastos, número de plantas medicinales y su uso, etc), fauna, suelos (tipo y pendiente, métodos de conservación), hidrología y finalmente el clima, donde se toma en cuenta la percepción de los pobladores acerca de cómo han variado los vientos y la precipitación así como las acciones que realizan en época de lluvia y de sequía.